اسلام برای هر موجود زنده‌ای حرمت و حقی قرار داده است و به آزار نرساندن به آن‌ها سفارش کرده است، لذا نباید از روی هوس و خوش‌گذرانی جان حیوانات را گرفت و این شیوه که بعضی برای تفریح به آزار و اذیت آن‌ها می‌پردازند، مذموم است.

فَلَيُبَتِّکُنَ‌ آذَانَ‌ الْأَنْعَامِ‌ نساء/119

(شیطان می گوید) به آنان دستور می‌دهم که گوش چهارپایان را بشکافند

شیوه مرحوم نجم‌آبادی مهربانی و محبت با هرکسی بود، راه آدمیت را چنین می‌دانست که به همه نیکی رساند و خدمت کند. موبد بیدگلی گوید: روزی بر روی یک گیاه آتشی افکندم، شیخ به من اعتراض کرد و گفت: این گیاه روح نباتی دارد و از آتش متألم می‌شود چرا چنین کردی؟!
گاهی اتفاق می‌افتاد که گربه‌ای در دامن پوستین ایشان می‌خفت، چون در حال خواب یا چرت بود آقا صبر می‌کرد تا بیدار شود و اگر بیدار نمی‌شد پوستین را می‌گذاشت و خود می‌رفت.

همچنین نقل کرده‌اند: سگ ولگردی در گوشه باغچه خانه ایشان، زاییده بود، یکی از هم صحبت‌های آقا توله سگ‌ها را برده بود و به جای دوری انداخته بود، سگ ماده از دوری توله سگ‌ها بیتابی می‌کرد و شیخ بارها به آن شخص گفت: کار خوبی نکردی که بچه‌ها را از مادر جدا کردی و کسی را فرستاد تا توله سگ‌ها را پیداکرده و آورد و در دامن مادرشان رها کرد.1

1. با اقتباس و ویراست از کتاب مردان علم در میدان عمل